La iglesia de Santa María la Mayor albergaba un coro en este mismo lugar que fue destruido durante la Guerra Civil española, estaba cerrado por verjas de hierro con puertas giratorias coronadas con trofeos militares de la Orden de Santiago, las paredes que lo circundaban estaban estucadas y pintadas imitando a mármol, con entrada por la parte exterior a través de dos magníficas puertas de nogal que servían de acceso a un pequeño coro alto adornado con balaustrada de madera pintada imitando a bronce,  la parte interior del codo bajo estaba circundada por una gradería de madera con dos peldaños sobre los que aparecían colocadas 21 sillas corridas con respaldo de madera de nogal, en el pequeño coro alto se hallaba situado el antiguo órgano tallado en madera, costaba de cuatro octavas de Once registros a la izquierda y Once a la derecha además de la trompa real manejada por rodilleras.

La construccion del antiguo órgano de Colmenar de Oreja se le encargo a Melchor Miranda en 1603, y debió ser obra del insigne organista de Su Majestad Felipe V, el maestro Pedro de Livorno Echevarría a quien también se deben el órgano de la epístola de la catedral de Segovia 1700, el de la Universidad de Salamanca 1709, el del Evangelio de la Catedral de Toledo, los cuatro órganos del Monasterio del Escorial 1702 o el de la Catedral de Córdoba 1715. Durante la guerra civil el templo perdió toda la ornamentación interior, el retablo mayor, el resto de los altares y el coro bajo, sobre el que se situaba el órgano, también desaparecido. Más Información....

Una gran parte de los órganos de la Comunidad de Madrid, fueron destruidos durante la guerra civil española. En las últimas décadas del siglo XX se comenzó con la recuperación de muchos de ellos y, por consiguiente, con todo lo que cultural y musicalmente representan. 

Este ha sido el caso de Colmenar de Oreja, que teniendo documentada la presencia de un órgano, al menos desde 1700 y hasta 1936, ha querido recuperar la tradición musical de uno de los instrumentos de sonoridad más bella que se conoce.